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　　記事中の「F」は「編成(Formation)」を指し、当サイトではその編成の三田・粟生側先頭車の番号で表記しています。

　　編成一覧はこちら。

　　1991年、従来車からフルモデルチェンジした2000系が登場。車体は3000系と同様のアルミ車体ですが、アルミむき出しの3000系に対して、2000系および5000系には1000系列と同じ配色であるクリーム色ベースに赤ラインの塗装がなされています。

　　同年に開通した公園都市線向けに、3両編成が3編成導入されました。当初からワンマン仕様で、1500系とともに公園都市線のほか、当時志染以西が3両限定だった粟生線にも入りました。すべての列車がワンマン化された現在では、他車との区別なく全区間で使用されています。

2000系の3両編成　

　　1992-93年には4両編成が導入されました。こちらはワンマン対応準備された状態でデビューし、のちにワンマン対応化されています。4両編成は後述の5000系に移行したため、導入は2本にとどまりました。

4両編成　

　　94年以降、4両編成車は5000系に移行。初めてVVVF制御が導入され、車内の電光案内板が追加されました。2000系4連と比べて、パンタグラフの位置が違うくらいで、外見上の相違はほとんどありません。

5000系4連　

　　98年までに10編成が製造される急ピッチの増備(これに伴って1000,1050,1300形の多くが廃車となり、増結車を含めた冷房率がかなり上がりました)で、3000系をしのぐ4両編成の最大勢力となり、一躍神鉄の「顔」となりました。

　　2001年6月改正で粟生線全線に4連が入れるようになり、5000系が初めて志染より西を走るようになりました。側面に大きな広告を載せた2000/5000系も登場しました。また1000系列や3000系と同様にワンマン対応化工事が順次施され、現在では全車ワンマン対応化しています。

粟生線にも日常的にその姿が　

5000系車内　

　　粟生線活性化の一環として2012年3月から、トップナンバーの5001編成が「ハッピートレイン」として運行されています。先頭2両にラッピング(粟生・三田側：小野市花のひまわり、新開地側：三木市花のさつき)が施され、車内シートにもマスコットの「しんちゃん・てつくん」などがあしらわれています。イベント列車として使用されるほか、粟生線に限定されず日常的に運行されており、神戸電鉄サイトでダイヤを確認できます。

5001Fによるハッピートレイン